Algo precioso y olvidado largo tiempo atrás, subsiste entre la arena, oculto bajo el barro... Los jóvenes de la Ballena de Arcilla, la enorme isla barco que vaga a la deriva por un interminable mar de arena, sueñan con descubrir un mundo más allá del inhóspito desierto. Chakuro, el archivista de la nave, impulsado por su insaciable curiosidad, quiere dar respuesta a los enigmas de la isla, y Ôni, líder de los topos de las Entrañas (una banda de jóvenes conflictivos), huir de ella. La mayor parte de los habitantes de la Ballena muere en torno a los 30 años; ambos tenían depositadas sus esperanzas en el mundo exterior, pero lo que se aproxima es su condena.