El detective más famoso de Japón, el joven Shinichi Kudo, presencia un intercambio sospechoso entre unos hombres vestidos de negro. Tras descubrilo, Shinichi es atacado por uno de esos mafiosos, y le administran un veneno con el fin de matarlo.

Sin embargo el veneno tiene un efecto inesperado: el cuerpo de Shinichi pasa a convertirse en el de un niño de 7 años.Ahora, haciéndose llamar Conan Edogawa y ocultando su verdadera identidad con tal de proteger a los suyos y a él mismo de los Hombres de negro, el joven detective se traslada a casa su padre: el detective Kogoro Mouri.

Ninguno de ellos sabe que Conan es, en realidad, Sinichi  y éste utilizará su secreto para resolver los casos del propio Mouri sin que nadie lo sepa.