La Trifuerza vuelve a transportar a Link a un nuevo mundo, en esta ocasión a Labrynna, donde nuestro héroe conoce a Impa, aya de la princesa Zelda. Esta le pide que le ayude a buscar a Nayru, que corre un gran peligro por culpa de Veran, la Hechicera de las Sombras, que hará todo lo posible por capturar a esa joven tan especial…